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I governi di Pietro II e Filippo I, rispettivamente XIII e XIV conte di Savoia, possono essere visti come di transizione. Amministrarono il ducato allargandone i possedimenti senza grossi sussulti.
Pietro II
Pietro II nacque nel 1203 a Susa da Tommaso I di Savoia. Non essendo l’erede al trono diretto, viene iniziato ad una carriera ecclesiastica come gli altri suoi fratelli. Tra il 1226 e il 1229 fu canonico a Losanna, Aosta e Ginevra.
Alla morte del padre, tentò di impossessarsi del potere contro il fratello Amedeo IV facendo insorgere la Valle d’Aosta. Ne uscì sconfitto nel 1234, ottenendo comunque un accordo con il fratello che gli concesse un feudo nel Bugey.

Nel 1236 rinuncia alla carriera ecclesiastica e sposa Agnese di Faucigny, dalla quale avrà solamente una figlia. Lo stesso anno, sua nipote Eleonora di Provenza, la figlia di sua sorella Beatrice, sposa il re di Inghilterra Enrico III. Negli anni successivi ella riesce a radunare nella corte inglese diversi parenti Savoia, tra cui Pietro. Qui da suo nipote il re d’Inghilterra ricevette alcune onorificenze, feudi e signorie. Tra di esse il titolo di Lord guardiano dei cinque porti e una casa a Londra, nel luogo dove oggi sorge il Savoy Hotel.
Pare che nei suoi vari viaggi in Inghilterra Pietro portasse ragazze europee in età da marito per i nobili inglesi.

Alla morte di suo fratello Amedeo IV, Pietro provo ad ottenere alcuni feudi dal nuovo e giovane conte Bonifacio I. Tuttavia, Tommaso II, fratello di Pietro e reggente in carica, riuscì a farlo desistere comminandogli solamente un appannaggio.
Nel 1263 quando Bonifacio I morì senza eredi Pietro si trovava in Inghilterra. In caso di mancanza di eredi i Savoia nominavano il nuovo conte al termine di una riunione familiare, poiché’ non avevano ancora assimilato la legge salica. Rientrato precipitosamente dall’Inghilterra Pietro riuscì a farsi riconoscere il titolo di conte di Savoia, portando in dono alla casata i territori conquistati nel Vallese e Vaud.
Pietro morì nel 1268 senza eredi maschi. Nel suo testamento indicava la sua volontà di essere tumulato nell’Abazia di Altacomba e di designare come suoi eredi il fratello Filippo e la figlia Beatrice.
Passato alla storia come il piccolo Carlo Magno, si deve a lui l’introduzione del blasone con la croce bianca in campo rosso, poi mantenuto dalla sua dinastia, che lo preferì al precedente recante l’aquila imperiale.
Filippo I
Alla morte di Pietro II, il regno passò quindi al fratello Filippo I, nato nel 1207. Ottavo genito di Tommaso I, Filippo, come i suoi fratelli, era destinato alla carriera ecclesiastica.

Nel 1229 ottiene la nomina di arcidiacono a Metz e dieci anni dopo divenne vescovo di Losanna. La sua carriera proseguì nel 1245 come vescovo di Valence e l’anno successivo venne nominato arcivescovo di Lione. Riuscì ad ottenere vari benefici e privilegi in Francia, Fiandre ed Inghilterra.
Tuttavia, nel 1267 abbandona la carriera ecclesiastica per sposare Alice di Merania, contessa di Borgogna, vedova e madre di 12 figli. Tramite la moglie diviene quindi conte di Borgogna e prende in mano le redini della contea.
L’anno successivo, alla morte del fratello Pietro II, secondo le sue disposizioni testamentarie, eredita anche il titolo di conte di Savoia. Tuttavia, rimasto vedovo nel 1279 lasciò il titolo di conte di Borgogna al primogenito della moglie e si ritirò in Savoia.
Filippo I governò la contea per altri diciassette anni, durante i quali riesce a riportare Torino sotto il controllo dei Savoia.
Muore nel 1285, lasciando il titolo al nipote Amedeo V. Sepolto nell’abbazia di Altacomba, i suoi resti furono dispersi durante l’occupazione giacobina.